Secondo Locke il sovrano deve astenersi dall'interveniere nelle scelte dei singoli cittadini finchè tali scelte non violino la libertà altrui. Gli uomini sono infatti capaci, entro certi limiti, di regolare autonomamente i propri comportamenti e la loro dignità deve essere rispettata. In questa prospettiva, il sovrano deve anzi preoccuparsi di definire e garantire le libertà fondamentali.
Questo principio vale in modo particolare in campo religioso. Nessuno può pretendere di conoscere con certezza quali comportamenti siano prescritti dalle leggi divine e nessuno può salvare l'anima altrui imponendo questo o quel comportamento. Per di più, osserva Locke, solo la fede spontanea e sincera ha valore e tali caratteristiche non possono essere imposte da un'autorità esterna.
Le scelte religiose, dunque, devono essere autonome, sempre a condizione che non sia violata la libertà delle scelte altrui. Ciascuno deve essere lasciato libero di entrare a far parte di una chiesa o di uscirne. Nessuna regola di tipo religioso può essere inclusa nelle leggi civili.
Il testo che segue, tratto dalla "Lettera sulla tolleranza" è ridotto e adattato a scopo didattico.
Ritengo che lo Stato sia una società di uomini costituita per garantire e promuovere soltanto i beni civili.
Chiamo beni civili la vita, la libertà, la sicurezza del corpo, la sua protezione dal dolore, i possessi delle cose esterne, come la terra, il denaro, le suppellettili ecc.
E' compito del funzionario civile conservare al popolo, preso collettivamente, e a ciascuno, preso singolarmente, la giusta proprietà di queste cose, che riguardano questa vita, con leggi imposte a tutti nello stesso modo.
Se qualcuno volesse violare queste leggi, contravvenendo a ciò che è giusto e lecito, la sua audacia dovrebbe essere frenata dal timore della pena. La pena consiste nella sottrazione o nell'eliminazione di quei beni, di cui altrimenti il colpevole potrebbe e dovrebbe godere. Ma poiché nessuno si punisce spontaneamente privandosi neppure di una parte dei propri beni, tanto meno della libertà o della vita, il magistrato, per colpire con una pena coloro che violano il diritto altrui, è armato con la forza, anzi con tutta la potenza dei suoi sudditi.
La cura delle anime non è affìdata al magistrato civile più che agli altri uomini. Non è affidata da Dio, perché non risulta in nessun luogo che Dio abbia concesso un'autorità di questo genere a uomini su altri uomini, cioè ad alcuni l'autorità di costringere altri ad abbracciare la loro religione. Né gli uomini possono concedere al magistrato un potere di questo genere, poiché nessuno può rinunciare a prendersi cura della propria salvezza eterna, al punto da accettare necessariamente il culto o la fede che un altro, principe o suddito, gli abbia imposto. Infatti nessuno può, anche se volesse, credere poiché gli è stato comandato da un altro; e nella fede consiste la forza e l'effìcacia della religione vera e salutare. Qualunque cosa si professi con le labbra, qualunque culto esterno si pratichi, se non si è convinti nel profondo del cuore che ciò che si professa è vero e che ciò che si pratica piace a Dio, non solo tutto ciò non contribuisce alla salvezza, ma anzi la ostacola, perché a questo modo agli altri peccati, che debbono essere espiati con la pratica della religione, si aggiungono, quasi a coronarli, la simulazione della religione e il disprezzo della divinità.
La cura delle anime non può appartenere al magistrato civile, perché tutto il suo potere consiste nella costrizione. Ma la religione vera e salutare consiste nella fede interna dell'anima, senza la quale nulla ha valore presso Dio. La natura dell'intelligenza umana è tale che non può essere costretta da nessuna forza esterna. Si confischino i beni, si tormenti il corpo con il carcere o la tortura: tutto sarà vano, se con questi supplizi si vuole mutare il giudizio della mente sulle cose.
Altro è persuadere, altro comandare; altro sollecitare con argomentazioni, altro sollecitare con decreti: questi sono propri del potere civile, quelle della benevolenza umana. Ogni mortale ha pieno diritto di ammonire, di esortare, di denunciare gli errori e di condurre gli altri alle proprie idee con ragionamenti; ma spetta ai magistrato comandare con decreti, costringere con la spada. Ecco dunque quello che voglio dire: il potere civile non deve prescrivere articoli di fede o dogmi o modi di culto divino con la legge civile. Infatti la forza delle leggi vien meno, se alle leggi non si aggiungono le pene; ma se si aggiungono le pene, esse in questo caso sono inefficaci e ben poco adatte a persuadere. Se qualcuno vuole accogliere quaiche dogma o praticare qualche culto per salvare la propria anima, deve credere con tutto il suo animo che quel dogma è vero e che il culto sarà gradito e accetto a Dio; ma nessuna pena è in nessun modo in grado di instillare nell'anima una convinzione di questo genere. Occorre luce perché muti una credenza dell'anima; e la luce non può essere data in nessun modo da una pena inflitta al corpo.
La cura della salvezza dell' anima non può in alcun modo spettare al magistrato civile, perché, anche ammesso che l'autorità delle leggi e la forza delle pene sia effìcace nella conversione degli spiriti umani, tuttavia ciò non gioverebbe affatto alla salvezza delle anime.
Ora, vediamo che cosa sia una Chiesa. Mi sembra che una Chiesa sia una libera società di uomini che si riuniscono spontaneamente per onorare pubblicamente Dio nel modo che credono sarà accetto alla divinità, per ottenere la salvezza dell'anima.
Dico che è una società libera e volontaria. Nessuno nasce membro di una Chiesa, altrimenti la religìone dei padri e degli avi perverrebbe a ogni uomo per diritto ereditario, insieme con 1e proprietà, e ciascuno dovrebbe la propria fede ai propri natali: non si può pensare nulla più assurdo di questo.
Le cose pertanto stanno a questo modo. L'uomo, che per natura non è costretto a far parte di alcuna chiesa entra spontaneamente in quella nella quale pensa di aver trovato la vera religione e il culto gradito a Dio. La speranza di salvezza che vi trova, come è l'unica ragione per entrare nella chiesa, così è anche il criterio per rimanervi. Se scoprirà qualcosa di erroneo nella dottrina o di incongruo nel culto, dovrà sempre essergli aperta la possibilità di uscire dalla Chiesa con la stessa libertà con cui vi era entrato.
